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擴增試劑盒 PicoPLEX Single Cell WGA Kit

簡要描述:產(chǎn)品名稱:擴增試劑盒 PicoPLEX Single Cell WGA Kit
產(chǎn)品貨號:R300722
用于單細胞文庫構(gòu)建的全基因組擴增解決方案

  • 產(chǎn)品型號:R300722
  • 廠商性質(zhì):代理商
  • 更新時間:2025-02-17
  • 訪  問  量:1401
詳細介紹
品牌TaKaRa供貨周期現(xiàn)貨
應用領域醫(yī)療衛(wèi)生,生物產(chǎn)業(yè)

產(chǎn)品名稱:擴增試劑盒 PicoPLEX Single Cell WGA Kit
產(chǎn)品貨號:R300722

 

 

產(chǎn)品說明: 

擴增試劑盒 PicoPLEX Single Cell WGA Kit可以從單細胞擴增DNA,獲得高度可重復的文庫。細胞裂解和預擴增后,進行低背景的PCR擴增,并在3小時內(nèi)獲得微克級產(chǎn)物。
除了延續(xù)之前PicoPLEX WGA Kit可進行高度可重復的拷貝數(shù)變異(CNV)分析外,該試劑盒通過使用高保真酶,盡可能減少擴增誤差,并能檢測單核苷酸變異(SNV)

 

 

產(chǎn)品特點:

  • 單細胞基因組擴增, 產(chǎn)物用于芯片和PCR分析
  • 單細胞研究結(jié)果可高度重復(或 <15 pg DNA)
  • 可高度重復性地檢測基因組拷貝數(shù)變異(CNV)和非整倍性
  • 易于使用和高度自動化
  • 在所有分辨率下,結(jié)果清晰
  • 應用包括但不限于 PGS/PGD 和 CTC(circulating tumor cell) 分析 
 

 產(chǎn)品對比:

 

表1 .使用PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3進行高質(zhì)量單核苷酸變異(SNV)檢測
 
以單細胞 (1cell) 和5個細胞 (5 cells) 的GM12878細胞系 (Coriell研究所) 起始 (一式兩份),分別使用PicoPLEX WGA v3,A公司試劑盒和B公司試劑盒,以及bulk gDNA對照制備全基因組擴增產(chǎn)物,進行SNV檢測的比較。其中B公司試劑盒雖然制備了足夠的擴增產(chǎn)物,但只有5 cells樣本中一個包含足夠的擴增子進行測序,而其他樣本無可用數(shù)據(jù)進行測序。根據(jù)Genome In a Bottle (GIB) 和hg19 (human Genome assembly GRCh37, Ensembl) 數(shù)據(jù)庫的交叉分析,預計GM12879細胞系總共存在78個SNVs。由于擴增子的設計,2×75 bp的讀取長度很短,78個SNVs中的4個未能檢測到。因此,檢測的SNV總數(shù)減少到74個。使用VarDict軟件,以≥10reads (10X coverage) 和等位基因頻率≥20%為基準從BAM文件分析SNV。與其他兩個公司試劑盒相比,PicoPLEX WGA v3具有更高的call rates和更低的等位基因丟失率。
(數(shù)據(jù)來源于Takara Bio USA, Inc.)
 
圖2. 基于PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3的CNV檢測
 
以來自不同細胞系(GM22601、GM05067和GM12878)的單細胞起始,使用PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3擴增基因組。之后取1ng的擴增產(chǎn)物,使用Illumina Nextera XT Kit制備文庫,并在Illumina MiSeq(PE 75)進行測序。對Fastq文件去除接頭序列信息后,與human genome assembly GRCh37進行比對。只分析常染色體。對于這兩個panels,校準歸一化至100萬reads,使用bedtools 2.25.0計算每1 Mb的 bin的reads數(shù)。使用Integrative Genomics Viewer (IGV)繪制bin counts的log2 ratio (Sample/Reference)。PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3還顯示了可以高品質(zhì)的進行染色體異倍性分析。
 
圖3. PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3的全基因組覆蓋范圍的重現(xiàn)性高
 
以GM12878的單細胞樣本起始(一式兩份),分別使用PicoPLEX WGA v3,A公司試劑盒和B公司試劑盒擴增基因組。之后取1ng的擴增產(chǎn)物,使用Illumina Nextera XT Kit制備文庫,并在MiSeq(PE 75)進行測序。然后與human genome assembly GRCh37進行比對,歸一化至1M reads (0.5M paired-end reads)后,使用bedtools 2.25.0計算每個1 Mb的bin的reads數(shù)。對這兩個單細胞文庫的每個窗口的total read進行繪制,計算Pearson和Spearman相關性并在每個圖中標明。
Panel A. 包含異常值的樣本。*由于不同技術存在不同的偏差,沒有排除相關點,所以圖表的比例不同。
Panel B. 排除異常值的樣本。與A公司和B公司試劑盒相比,PicoPLEX WGA v3具有更高的重現(xiàn)性和覆蓋度。
(數(shù)據(jù)來源于Takara Bio USA, Inc.)
 

 

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